1999–2000年巴拿馬全國職業足球聯賽

ANAPROF 1999–2000 賽季是其成立以來的第十二個賽季。賽季於 1999 年 8 月 1 日開始，至 2000 年 1 月 30 日結束。共有 10 支球隊參賽，其中 9 支為上季參賽隊伍，1 支為從 Primera A 升級的隊伍。

Tauro 在羅美爾·費南德斯球場以 2-0 擊敗 Plaza Amador 後加冕為冠軍，這是 Tauro 隊史上的第五座冠軍。奪得此冠軍後，Tauro 獲得了 2001 年 Copa Interclubes UNCAF 的巴拿馬 1 席位，而 Plaza Amador 則以亞軍身份獲得巴拿馬 2 席位。

在本賽季開始前，參賽隊伍於四月至七月間進行了一場錦標賽，即 1999–2000 年開幕錦標賽 (Campeonato Apertura)，以決定誰將參加 2000 年的 Copa Interclubes UNCAF。Panamá Viejo 於 7 月 2 日以 2-0 擊敗 Tauro 後奪得冠軍。