鞭毛菌亞門(Mastigomycotina)是真菌的一個亞門,為一個舊的多系群分類,與藻菌綱(Phycomycetes)相似,包含壺菌綱(Chytridiomycetes)、絲壺菌綱(Hyphochytriomycetes)、根腫菌綱(Plasmodiophoromycetes)與卵菌綱(Oomycetes)等游孢子綱。
鞭毛菌亞門的一般特徵: