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鞭毛菌亞門（Mastigomycotina）是真菌的一個亞門，為一個舊的多系群分類，與藻菌綱（Phycomycetes）相似，包含壺菌綱（Chytridiomycetes）、絲壺菌綱（Hyphochytriomycetes）、根腫菌綱（Plasmodiophoromycetes）與卵菌綱（Oomycetes）等游孢子綱。

鞭毛菌亞門的一般特徵：

* 在其生命週期中會產生鞭毛細胞。
* 可能具有假根。
* 大多數為絲狀，且具有無隔菌絲體。
* 表現出中心式核分裂。
* 有性階段的孢子通常為卵孢子。

==參見==
* 類真菌生物

==參考資料==

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